Музей-қорық ғалымдары жетекішілігімен 2018-2023 жылдар аралығында ҚР Ғылым және жоғары білім, Мәдениет және ақпарат министрлігінің қаржыландыруы бойынша 1 ғылыми бағдарлама, 2 жобамен сәтті жұмыс жасады.

1. «Қазақ хандығы құрылымындағы билер, батырлар, тархандар, жасауылдар, қожалар институттары: олардың қызметі және жойылуы (XV-XIX ғ.)»

• Жобаның ғылыми жетекшісі: Әбілсейіт Қапизұлы Мұқтар, тарих ғылымдарының докторы, профессор

2. «ГУЛАГ жүйесіндегі Прорва және Астрахань лагерлері (1932-1950 жж.): тарих, естелік, тағылым»

• Жобаның ғылыми жетекшісі: Улжан Толегенқызы Ахметова, тарих ғылымдарының докторы, профессор

3. «Қазақстанның батыс өңіріндегі Алтынордалық қалалар, көне керуен жолдары және керуен-сарайлар: пәнаралық зерттеулер (XIII-XV ғғ.)»

• Жобаның ғылыми жетекшісі: Улжан Толегенқызы Ахметова, тарих ғылымдарының докторы, профессор